Для реализации ключевых приоритетов, работа СОЗ призвана сосредоточиться на достижении пяти основных целей, которые будут актуальны в ближайшие годы. Данные цели являются взаимозависимыми, соответствующими всем стратегическим приоритетам Государственной Программ «Денсаулык».
Для каждой конкретной цели определены задачи, которые направлены на эффективное и непосредственное достижение цели. Для мониторинга прогресса Академией профилактической медицины разрабатывается перечень индикаторов и мероприятий, соответствующих каждой цели.